水仙宮創建於康熙四十二年(西元1703年),位於當時府治的西定坊港口,即為昔日五條港地區的南勢港口尾端,是府城水陸交通必經之地。自康熙五十七年戊戌(西元1718年)第一次改建後,迭經增修。乾隆二十七年癸未(西元1783年)北郊紳商再集資重修,並設郊商辦事處於此,遂使水仙宮成為當時府城的商業中心,香火也更旺盛。
到民國三十年,日本人施行市區改正計畫,將廟宇中、後二殿拆除,光復後,信眾合力重建而成今貌。 目前,水仙宮是一座單殿單進的建築形式,坐東朝西,開三門,門上不繪門神而改用門釘,橋下培仍留存著早年建築的石料,斑駁芭意,令人激賞。
歷來修建多次,部分精美的雕刻木作保留於國立成奶j學歷史系文物館中。建築特色→屬閩式平房,初建為三進大殿,二次大戰時,日軍為建防空地,拆除水仙宮的後、中兩殿,台灣光復後,目前只剩一進,重建成今貌,雖然古意盡失,但其歷史價值仍存。
【石碑】廟內壁間的石碑有三塊,年代最古的是乾隆30年(1765年),臺灣府知府蔣允焄立石的水仙宮清界勒石記,最近的有民國六年(大正六年)廟董立石的重修水仙宮碑記,另有一塊是與水仙宮沒有關聯的石碑,是福建分巡臺澎兵備道,為嚴禁海口舞弊勒索以安商艘事,嘉慶元年四月二十八日發水仙宮張掛曉諭的碑記。門前一對抱鼓石、基座及石礎的雕工非常精美,木刻神像、雀替精美。由於大禹為開國君王,所以大門不繪門神,改採門釘形式。
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