臺南報恩堂有「台南最美好的傳統木造建築物」的美稱，雖為齋堂修行場所，但其外型與一般民家相去不遠，不像一般寺廟般重視彩繪、雕塑等外在裝飾，是一座樸素的木構建築，屬傳統民居建築。

建築坐東朝西，一座二進兩廂房的規模型制。入口為單脊板瓦屋頂的有罩牆門，形式簡潔，門內為前庭，花木扶疏，環境清幽。第一進為前堂，第二進為正堂，供奉觀音佛祖與教祖，堂內木雕精緻，其是柱邊的花罩及八卦月門更是古色古香。堂前帶一座捲棚拜亭。第三進為後堂，供住居使用，堂後有院，院後再設後門，以供出入。報恩堂外圍有牆環繞，雖然堂貌斑駁，但院落寬敞清靜，宛若世外桃源，確是修身養性的好地方。

【正堂的花罩】樑枋下的面狀木雕或格扇，是傳統建築分隔室內空間的手法之一；此處花罩不但用來區別左右廳房，也被用來區分神龕的內外空間。

【正堂的神龕】在這裡可以看見先天派遺風︰佛像前方的陰、陽茶水，及代表先天派最高層次的「老母燈」。

【齋教先天派】創立於清順治年間，約在咸豐年間傳入台灣，為一個融合道家、儒家、釋家思想的宗教，主張在家修行，持守齋戒，不准嫁娶，又被稱為在家佛教。南部地區先天派可以說是隨著報恩堂而發展出去的，如︰擇賢堂、崇德堂等。