閩式平房，二進，磚牆木構造，沒有燕尾翹脊的前殿，明間退凹，中央開雙扇大門，是祭典時的主要通道，牢時門檻上多安柵欄，由左石側牆上的單扇小門出入。正門門楣上懸匾一方，直寫「鄭姓宗祠」四字，門框上有聯題：「昭烈顯宗坊，疆開昆舍;格誠興祖廟，派衍榮陽」，道出先民離鄉背井，開疆拓土之志，更傳達了國人慎終追遠，落葉歸根之心。進入門內，又見橫寫的「昭格堂」匾一方，與正殿楹聯相互呼應，期使「昭代偉大，不愧千秋俎豆;格天烈士，真堪萬世馨香。」

廊寬闊的正殿，中央供奉延平郡王鄭成功，龕壁上原用繪像，鄭氏海內外宗親懷祖，特由延平郡王祠奉迎塑像供於廟內。龕上懸匾，題：「三圭世錫」為乾隆辛卯陽目穀旦，由石井四世祖鄭汶成所立。鄭成功塑像左側供奉著唐、宋鄭氏列祖先賢逸土神位；右側主祀：「明招討大將軍延平郡王大木鄭公暨配夫人董氏神位」，「清處士克磯鄭公暨毗孺人淑慎蔡氏神位」，「清逸叟哲士鄭公暨毗孺人端慈蔡氏神位」。殿內陳設肅穆端莊，案桌上臺燭生輝，香姻遼繞，依稀地傳達著楹聯上深刻的書意：「昭毅無雙，開疆復土承天績;格思靡既，迪後光前擘海祠。」不僅是鄭氏開臺的寫照，更是國人光宗耀祖的表現。