整個病院由數排南北向之建築以廊道相接而成。建築物本身以磚造為主，有不同形式之拱廊，為適應南台灣氣候而產生之建築語彙，抬高之地板也是同樣之考量，屋頂有的也留有造型小巧的通氣塔。

除建築之外，台南日軍陸軍衛戍病院院區也遺留有不少老樹，值得一併保存。