創建於1662年(明永曆十七年)，為台灣最早的民設媽祖廟。鄭成功治台後，感恩昔日馬祖庇祐鄭軍順利登港，將開基天后宮易茅為瓦，易寮為廟，1662年正式創建，冠以「開基」。因為不及大天后宮的規模及寬敞，俗稱「小媽祖廟」。

今之開基天后宮，是一座二進縱深式建築，坐東朝西。第一進為前殿，第二進為帶拜亭的正殿，但因拜亭與前殿之間，沒有內埕分隔，混然成為一體。

正殿供奉媽祖神像，在右配祀千里眼、順風耳兩將軍神像，第三進為後殿，祀觀世音菩薩。天后宮內存有古匾數方，如:乾隆四十四年的「海天福主」、嘉慶十三年的"慈慧」以及道光二十年的「天上福星」等，其中尤以文苑晝畫家一峰亭林朝英手書，筆力勁秀，最為人稱道。此外，殿內一對石雕蟠龍柱，以三爪降龍為紋，樸拙簡練，刀法渾厚有刀，不僅是天妃時期的代表，也是石雕藝術的佳作。