日光石頭博物館分6大主題館，分別是冰河時期、恐龍奧秘、地球遺產、自然奇石、礦石之美、螢光礦物，其中冰河時期的大角鹿化石更是稀有，而三頁蟲化石、鸚鵡螺化石也相當吸引人，還有會發出螢光的礦物也是平常難得一見。